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基因組學(xué)研究技術(shù)近年來取得了顯著進(jìn)展,以下是關(guān)鍵技術(shù)與應(yīng)用方向的系統(tǒng)梳理:
一、核心技術(shù)體系
?測(cè)序技術(shù)迭代?
?二代測(cè)序?:Illumina平臺(tái)通過橋式PCR實(shí)現(xiàn)高通量短讀長(zhǎng)測(cè)序,單次運(yùn)行可產(chǎn)出6TB數(shù)據(jù)。
?三代測(cè)序?:PacBio SMRT與Oxford Nanopore技術(shù)支持超長(zhǎng)讀長(zhǎng)(>100kb),直接檢測(cè)堿基修飾,適用于復(fù)雜基因組組裝。
?大片段DNA編輯?
中國科學(xué)院開發(fā)的PCE系統(tǒng)突破傳統(tǒng)CRISPR限制,實(shí)現(xiàn)兆堿基級(jí)別DNA精準(zhǔn)操縱,通過工程化Cre蛋白變體提升重組效率3.5倍。
Re-pegRNA策略可消除編輯殘留位點(diǎn),提升基因組編輯精準(zhǔn)性。
?單細(xì)胞與空間組學(xué)?
高通量單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)結(jié)合Orbitrap Astral質(zhì)譜,實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞中5000+蛋白鑒定。
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)(如Akoya PhenoCycler-Fusion)支持單切片多標(biāo)志物同步檢測(cè),解析組織微環(huán)境。
二、生物信息學(xué)工具鏈
?比對(duì)與組裝?:BWA、GATK用于變異檢測(cè),SPAdes等工具處理無參考基因組數(shù)據(jù)。
?功能注釋?:基于AI的蛋白質(zhì)定向進(jìn)化方法(如AiCE)加速基因功能解析。
?比較基因組學(xué)?:OrthoFinder等工具揭示物種進(jìn)化關(guān)系。
三、應(yīng)用領(lǐng)域拓展
?醫(yī)學(xué)?:全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)定位疾病風(fēng)險(xiǎn)位點(diǎn),腫瘤基因組測(cè)序指導(dǎo)精準(zhǔn)用藥。
?農(nóng)業(yè)?:PCE系統(tǒng)在作物育種中實(shí)現(xiàn)抗逆性狀的定向改良。
?生態(tài)學(xué)?:宏基因組技術(shù)解析環(huán)境微生物群落功能。
四、前沿方向
?AI整合?:深度學(xué)習(xí)模型預(yù)測(cè)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò),提升數(shù)據(jù)分析效率。
?合成生物學(xué)?:染色體設(shè)計(jì)構(gòu)建(如酵母合成基因組計(jì)劃)推動(dòng)人工生命體開發(fā)。
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